Základní témata knihy Fenomén Vatikán formulují její podtituly – idea, dějiny a současnost papežství – diplomacie Svatého stolce – České země a Vatikán. Kniha má čtyři kapitoly, jimž je předeslán Úvod vysvětlující blíže téma studie a rozvržení její látky. Zejména rozvádí, proč papežové neodvozují svůj vliv v oblasti mezinárodních vztahů od svého postavení hlavy Městského státu Vatikánu, a proč naopak veškerý význam Vatikánu ve světové politice je založen výhradně na postavení hlavy katolické církve jako duchovního vůdce.

První kapitola se zabývá otázkou, proč a v jakém smyslu je papež hlavou největší z křesťanských církví. Druhá kapitola podává historický přehled vývoje instituce papežství v jeho vztahu ke „světské moci“, státům a jejich vládcům; tento vztah sleduje od počátku dějin křesťanství až do zániku církevního státu v roce 1870. Třetí kapitola předvádí moderní podobu církevního státu (vzniklou v roce 1929), v níž je tento útvar ještě zřetelněji než jeho předchůdce podřízen výkonu náboženského poslání svých vládců – papežů. Výklad o strukturách a orgánech dvojjediné instituce Vatikánu-Svatého stolce, o jejím mezinárodním postavení, smlouvách se státy i o výkonech proslulé vatikánské diplomacie je východiskem k zachycení nejnovějších dějin papežství i role, kterou tato instituce hraje v současném světě. Čtvrtá kapitola (České země a Vatikán) si všímá minulosti i přítomnosti vztahů mezi římským stolcem a českým národem v jejich politickém i náboženském rozměru.
Do jednotlivých kapitol jsou zařazeny exkursy analyzující podrobněji některé zvlášť pozoruhodné nebo kontroverzní problémy z dějin a současnosti papežství. Druhé vydání nemění podstatu ani uspořádání díla. Vedle drobných stylistických úprav či korektur obsahu přináší především doplňky: nevelké v Úvodu a prvních dvou kapitolách, zatímco třetí a čtvrtou obohacuje o podrobný výklad nejvýznamnějších událostí historie papežství v období posledního desetiletí.