Nietzscheho neskorá práca Genealógia morálky – polemický spis sa pokladá za jeho azda najvplyvnejšie dielo. Priamo nadväzuje na jeho prácu Mimo dobra a zla a podľa jeho vlastných slov je jej „dodatočným doplnením a ozrejmením“. Skúma v nej pôvod, historický vývoj a psychologické podmienky vzniku súčasnej západnej, kresťanstvom ovplyvnenej morálky. Na rozdiel od iných morálnych filozofov sa nepokúša odvodiť a zdôvodniť nejakú konkrétnu morálku, nezaoberá tým, ako by mali ľudia konať, ale skúma, prečo ľudia veria, že by mali konať určitým spôsobom. V prvej z troch statí svojho spisu rozlišuje „panskú“ a „otrockú“ morálku a zavádza termín „plavovlasá beštia“, v druhej analyzuje pojmy viny a zlého svedomia. V tretej podrobuje dôkladnej kritike tzv. asketické ideály, pričom oboznámenie sa s touto kritikou sa obvykle pokladá za podmienku porozumenia celej jeho neskorej filozofie. Pokiaľ ide o formálnu stránku, Nietzsche tu úplne upúšťa od aforistickej formy. Jeho výklad je systematický a konzistentný, zároveň sa však vyznačuje pre neho typickým brilantným literárnym štýlom a pôsobivým metaforickým jazykom. Genealógia morálky výrazným spôsobom ovplyvnila mnoho významných osobností, predovšetkým S. Freuda, M. Schelera a M. Foucaulta. Označuje sa tiež za dielo, ktoré v storočnom predstihu pripravovalo cestu postmodernej filozofii.