Siroty Polmesiaca spletito rozprávajú príbehy niekoľkých kľúčových postáv. Každá z nich je svojim spôsobom sirota. Tošiko, Mei a Džun sú nepokrvní súrodenci, ktoré prišli o svoju adoptívnu opatrovateľku Reiko. Za jej smrť nesie zodpovednosť gang Šťastných vrán, ktorý terorizuje najzraniteľnejších obyvateľov Polmesiaca. Theo je nútený odísť zo svojej domoviny a do Suchozeme prichádza ako ilegálny imigrant, ktorý nemá veľa iných možností ako prežiť, než sa nedobrovoľne pridať práve k Vranám a stať sa ich pešiakom. Konštantne je v rozpore medzi tým, čo považuje za správne, a tým, čo musí urobiť, aby prežil. Desaťročný Haru je syn krutej cisárovnej, ktorá vládne Suchozemi. Jeho osudom má byť dedičstvo matkiných spôsobov a vláda nad súostrovím. Haru však namiesto cisárskych povinností prejavuje viac záujmu o slnečných duchov, ktorých zdanlivo vidí ako jediný.

Dej Sirôt Polmesiaca sa odohráva počas dvoch turbulentných dní, keď Tošiko na cisárskom bankete ukradne vodcovi Vrán dračiu perlu, jeden z najcennejších magických artefaktov Suchozeme. Tým spustí sled udalostí, ktoré rozhodnú o budúcnosti celého súostrovia.

V románe sa riešia tri kľúčové dilemy, ktorých nositeľmi sú vymenované postavy. Okrem už spomínanej Theovej dilemy prežiť alebo konať morálne tu máme aj dilemu osobnej pomsty a z nej vyplývajúcich spoločenských dôsledkov, ako aj dilemu cisárskych povinností a skutočnej spravodlivosti. Tematizuje sa tu systémom podporovaná chudoba, korupcia a zneužívanie pokročilých technológií (AI).