Dem venezianischen Negroponte steht die Erstürmung durch Sultan Mehmed II. bevor. Während Condulmiero für die Aufgabe plädiert, entflammt der junge Calbo den Kriegsrat dafür, bis zum letzten Blutstropfen zu kämpfen. Der Statthalter Paolo Erisso möchte seine Tochter Anna mit Calbo vermählen. Doch diese liebt bereits Uberto, den Herrn von Mytilene. Erisso entlarvt den unbekannten Liebhaber als Lügner, da er seinerzeit selbst mit Uberto in Venedig weilte. Mehmed kann dank eines Verrats in die Stadt eindringen. Erisso und Calbo weigern sich, ihre verschanzten Soldaten zur Aufgabe zu bewegen. Als Anna sich dem Sultan zu Füßen wirft, erkennt sie entsetzt Uberto. Mehmed bietet ihr seine Hand an und will Erisso und Calbo, den er für ihren Bruder hält, verschonen. Anna sieht als Ausweg zwischen Liebe und Loyalität nur den Tod. Sie lässt sich von ihrem Vater mit Calbo vermählen und ermöglicht es den beiden Männern, dank Mehmeds kaiserlichem Siegel die Gegenoffensive zu organisieren. Dem wütenden Geliebten gesteht sie, dass Calbo nun ihr Gatte ist, und erdolcht sich vor seinen Augen.

Maometto II markiert einen Wendepunkt in Rossinis Karriere, da er ab 1820, als das Werk in Neapel entstand, nur noch eine Oper pro Jahr komponierte und dafür mehr Zeit verwendete. Diese experimentelle Oper ist fast durchkomponiert und enthält musikalische Blöcke, die ganze Szenenwechsel überwinden. Die Fassung für Venedig (1822) ist konventioneller und weist ein glückliches Ende auf. In dieser Ausgabe der Reihe Operntexte ist der vollständige Wortlaut beider Fassungen, wie sie von Rossini vertont wurden, abgedruckt und übersetzt.