Komentarz do Ewangelii Jana jest pracą, z której możemy korzystać jak z dobrego przewodnika po Piśmie Świętym. Praktycznie cała Biblia zostaje użyta do skomentowania i objaśniania Janowego dzieła. Akwinata zestawia różne fragmenty tekstu biblijnego ze Starego i Nowego Testamentu z objaśnianymi słowami Ewangelii Jana, kierując się z jednej strony bliskością znaczeń wypowiedzi, z drugiej zaś podobieństwem ich brzmienia. Kontynuuje w ten sposób tradycję starożytnej egzegezy patrystycznej. Jak na znawcę filozofii Arystotelesa przystało, obecny jest w Komentarzu rys analizy logicznej tekstu. Przyjmowana za Arystotelesem teoria części i całości ugruntowuje przekonanie, że to, co jest częścią, możemy zrozumieć w pełni dopiero w świetle całości. Tomaszowa metoda egzegezy biblijnej zakłada, że w Piśmie Świętym te same lub zbliżone treści wypowiadane są przy pomocy odmiennych sformułowań. Zestawienie ich razem, często w formie równoważności, jest sposobem analizy tekstu, który odsłania jego pełniejsze znaczenie. Jedna wypowiedź rozświetla drugą. To metoda analogiczna do klasycznych zasad budowania definicji, gdzie łączy się dwie jej strony przy pomocy równoważności. Ustalanie treści wypowiedzi ma więc zdroworozsądkowy sens powiedzenia tego samego innymi słowami.